Rstudioは便利だ。
今泉智通(中央農研)
本スライドの内容
(1)Rstudioとは
(2)R Markdownの使い方
(3)R Presentationの紹介(ちょっとだけ)
(クリックするとジャンプします)
Rstudioとは
Rを実行する便利なソフト
エディタ、コンソール、図が1画面に表示
tab補完が便利
パッケージ導入も便利
RstudioのHPはこちら
Rstudioの画面
1.Source画面
コマンドを入力する画面
Ctrl + Enter(選択行を実行)などでコマンド実行
いろいろなファイル形式(Rファイル、Rmdファイルなど)
テキストも開けるけど、Ctrl + Enterとかできない
2.Console画面
結果が表示される画面(通常のRウィンドウと同じ)
コマンドも入力できるけど、Sourceで入力したほうが便利・安全
Ctrl + ↑ で履歴を一覧表示できる(↑だけだと、ひとつ前のコマンド)
3.Environment,Historyなど
Environmentタブ:入力したデータ名、関数などを一覧表示
データ名をクリックすると、Source画面に表示される
Historyタブ:実行したコマンドが一覧表示
履歴の保存や、Console,Sourceへのコピーが簡単にできる
EnvironmentタブのImport Dataset
マウス操作でデータ読み込み可能
フォルダ名やファイル名に日本語が入っているとエラーが出る?
4.plot,Helpなど
Plotsタブ:図を表示
戻る・進む矢印アイコンで前の図も表示可能
Exportアイコンで、ファイル形式を指定して保存可能
Helpタブ:関数等のヘルプ画面が表示(全画面表示した方が読みやすい)
各画面のレイアウトの変更
Tools -> Golobal Options -> Pane Layoutで変更
同一種類のペインは複数表示できない(source2つとか表示できない)
tabキーなどのコマンド補完
コマンド入力途中でtabキーを押すと、コマンド予測
コマンド予測だけでなく、必要な引数情報など簡単なhelpも表示
自分で定義した文字列や作業ディレクトリ内のファイル等も予測
“、(、{などは、右カッコも自動表示
パッケージのインストール
Tools -> Install Packagesからインストール
パッケージ名を入力すれば、予測・検索してくれる
CRANミラーサイトの設定は、Tools -> Global Options -> Packagesで変更
関数定義とかforを省略表示
関数定義とか長くてジャマなら、省略表示
▼アイコンをクリック
(2)Rmarkdownの使い方
実行内容の保存に便利なRmarkdown
コマンドも、
解析結果も、
図も、
メモ書きも、
まとめてhtml形式で出力してくれます。
こんな感じ
Rmarkdownファイルの作り方
File -> New File -> R MarkdownでRmdファイルのテンプレート表示
詳細は、Markdown Quick Referenceとか参照
knit HTMLアイコンでhtml出力を実行
html出力には、knitrパッケージ(knit2html関数)が必要
Rでも出力できるけど、Rmd形式作るのはRstudioが便利
文字化けする場合は、Save with EncodingでShift_Jisとかに
Rmarkdown形式の入力方法
コマンドはchunk内に入力する
新しいchunkはCtrl + Shift + Iで挿入
{}の中にchunk名やオプションを入れる
メモ書き等は、#などをつけることで文字サイズ等変更できる
#の後は半角スペースを入れる
chunkオプション
chunk名は省略可能(同一chunk名はダメ)
よく使うオプション
echo:コマンドを出力するかどうか
eval:コマンドを実行するかどうか
warning:警告出力の有無(図に日本語があると、警告いっぱいでるのでFALSEした方が良い)
message:パッケージ読み込み時のメッセージ出力の有無
fig.width, fig.height: 図のサイズ
dev:図の出力ファイル形式(html表示にはpngが必要)
すべてtab補完できます
詳細はknitr作者のHPを読みましょう
出力されるテキストの列数設定
options(width = 列数)
デフォルトは 80?
optionsで指定した以降のchunkでは、指定列数が反映される
作業ディレクトリの設定
html出力する際は、chunkごとにsetwdが必要
指定しないと、デフォルトの作業ディレクトリになる
opts_knit$set(root.dir=“作業ディレクトリ”)コマンドで一括指定も可能
補足:ファイルパスの調べ方
Win: ファイル・フォルダをShiftキー + 右クリック -> パスとしてコピー
Mac: エディタやRコンソールにドラッグ&ドロップ(Rsutidoはムリ)
Ubuntu: コピーして、エディタ等にペースト(Rstudioも可)
出力スタイルの変更
cssファイルの設定で、出力スタイル変更できる
HPとか作ったことないので、僕はまったくわかりません
デフォルトのcssファイルを変更するのが簡単
デフォルトのcssファイルの場所は、
Win: /ローカルディスク/Program files/ Rstudio/resources/markdown.css
Mac: /ライブラリー/Frameworks/R.framework/ Versions/x.x/Resources/library/markdwon/resources/markdown.css
Ubuntu: /usr/lib/rstudio/resources/markdown.css
お手製のcssファイルを指定したい場合は、markdownToHTML関数(markdownパッケージ)で指定
参考ページ
html出力しなくても便利なchunk
Ctrl + Alt + Cで、chunk内のコマンドをすべて実行
Ctrl + Alt + Nで、次のchunk実行
chunk間の移動も簡単
これまでの遺産は・・・
.Rファイルも簡単にhtml出力できます
.Rファイルを開き、File -> Compile Notebook
(3)R Presentationの紹介
html5とかいうスライドを作ってくれる
このスライドや当日のプレゼンも、これで作ってみました
ちょっと試しただけなので、よぉ知りませんが。。。
統計勉強会のスライド作りとかに便利そう
こんな感じ
表示できないブラウザがあります
Internet Explorerはバージョン10以上なら大丈夫
ChromeとかFirefoxはオーケー
詳細はRstudioのHPへ
R Presentationファイルの作り方
File -> New File -> R Presentationでテンプレート表示
入力方法は、Rmarkdownを基本的に同じ
PreviewアイコンでEnvironmentウィンドウにプレビュー表示
詳細は、Authoring R Presentationsを参照
Rでhtmlスライドの出力
Presentationタブ(Environmentと同じウィンドウ)にプレビュー
Moreアイコンでhtmlファイルに保存したり、ブラウザ表示したり
スライドスタイルの変更
cssファイルの設定で、出力スタイル変更できる
css:オプションでcssファイルを指定
デフォルトのcssファイルの場所は、
Win: /ローカルディスク/Program files/Rstudio/resources/presentation/slides.css
Mac: 不明…(
ここ
に情報あるんですが、調べたMacでは見つかんないし。。。僕Macユーザーじゃないし。。。)
Ubuntu: /usr/lib/rstudio/resources/presentation/slides.css
まとめ
とにかく便利です。
だまされたと思って、使ってみてください。
R初心者の方は、だまされてください。
初めからRstudioでR覚えたほうが楽なはずです。