Rstudioは便利だ。

今泉智通(中央農研)

本スライドの内容

(1)Rstudioとは

(2)R Markdownの使い方

(3)R Presentationの紹介(ちょっとだけ)

(クリックするとジャンプします)

Rstudioとは

  • Rを実行する便利なソフト
  • エディタ、コンソール、図が1画面に表示
  • tab補完が便利
  • パッケージ導入も便利 RstudioのHPはこちら alt text

Rstudioの画面

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1.Source画面

  • コマンドを入力する画面
  • Ctrl + Enter(選択行を実行)などでコマンド実行
  • いろいろなファイル形式(Rファイル、Rmdファイルなど)
  • テキストも開けるけど、Ctrl + Enterとかできない alt text

2.Console画面

  • 結果が表示される画面(通常のRウィンドウと同じ)
  • コマンドも入力できるけど、Sourceで入力したほうが便利・安全
  • Ctrl + ↑ で履歴を一覧表示できる(↑だけだと、ひとつ前のコマンド) alt text

3.Environment,Historyなど

  • Environmentタブ:入力したデータ名、関数などを一覧表示
    • データ名をクリックすると、Source画面に表示される
  • Historyタブ:実行したコマンドが一覧表示
    • 履歴の保存や、Console,Sourceへのコピーが簡単にできる alt text

EnvironmentタブのImport Dataset

  • マウス操作でデータ読み込み可能
  • フォルダ名やファイル名に日本語が入っているとエラーが出る?
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4.plot,Helpなど

  • Plotsタブ:図を表示
    • 戻る・進む矢印アイコンで前の図も表示可能
    • Exportアイコンで、ファイル形式を指定して保存可能
  • Helpタブ:関数等のヘルプ画面が表示(全画面表示した方が読みやすい) alt text

各画面のレイアウトの変更

  • Tools -> Golobal Options -> Pane Layoutで変更
  • 同一種類のペインは複数表示できない(source2つとか表示できない) alt text

tabキーなどのコマンド補完

  • コマンド入力途中でtabキーを押すと、コマンド予測
  • コマンド予測だけでなく、必要な引数情報など簡単なhelpも表示
  • 自分で定義した文字列や作業ディレクトリ内のファイル等も予測
  • “、(、{などは、右カッコも自動表示 alt text alt text

パッケージのインストール

  • Tools -> Install Packagesからインストール
  • パッケージ名を入力すれば、予測・検索してくれる
  • CRANミラーサイトの設定は、Tools -> Global Options -> Packagesで変更 alt text

関数定義とかforを省略表示

  • 関数定義とか長くてジャマなら、省略表示

▼アイコンをクリック

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(2)Rmarkdownの使い方

実行内容の保存に便利なRmarkdown

  • コマンドも、
  • 解析結果も、
  • 図も、
  • メモ書きも、

まとめてhtml形式で出力してくれます。

こんな感じ

Rmarkdownファイルの作り方

  • File -> New File -> R MarkdownでRmdファイルのテンプレート表示
  • 詳細は、Markdown Quick Referenceとか参照
  • knit HTMLアイコンでhtml出力を実行
  • html出力には、knitrパッケージ(knit2html関数)が必要
  • Rでも出力できるけど、Rmd形式作るのはRstudioが便利
  • 文字化けする場合は、Save with EncodingでShift_Jisとかに alt text

Rmarkdown形式の入力方法

  • コマンドはchunk内に入力する
  • 新しいchunkはCtrl + Shift + Iで挿入
  • {}の中にchunk名やオプションを入れる
  • メモ書き等は、#などをつけることで文字サイズ等変更できる
  • #の後は半角スペースを入れる alt text

chunkオプション

  • chunk名は省略可能(同一chunk名はダメ)
  • よく使うオプション
    • echo:コマンドを出力するかどうか
    • eval:コマンドを実行するかどうか
    • warning:警告出力の有無(図に日本語があると、警告いっぱいでるのでFALSEした方が良い)
    • message:パッケージ読み込み時のメッセージ出力の有無
    • fig.width, fig.height: 図のサイズ
    • dev:図の出力ファイル形式(html表示にはpngが必要)
  • すべてtab補完できます

詳細はknitr作者のHPを読みましょう

出力されるテキストの列数設定

  • options(width = 列数)
  • デフォルトは 80?
  • optionsで指定した以降のchunkでは、指定列数が反映される alt text

作業ディレクトリの設定

  • html出力する際は、chunkごとにsetwdが必要
  • 指定しないと、デフォルトの作業ディレクトリになる
  • opts_knit$set(root.dir=“作業ディレクトリ”)コマンドで一括指定も可能

補足:ファイルパスの調べ方

  • Win: ファイル・フォルダをShiftキー + 右クリック -> パスとしてコピー
  • Mac: エディタやRコンソールにドラッグ&ドロップ(Rsutidoはムリ)
  • Ubuntu: コピーして、エディタ等にペースト(Rstudioも可)

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出力スタイルの変更

  • cssファイルの設定で、出力スタイル変更できる
  • HPとか作ったことないので、僕はまったくわかりません
  • デフォルトのcssファイルを変更するのが簡単
  • デフォルトのcssファイルの場所は、
    • Win: /ローカルディスク/Program files/ Rstudio/resources/markdown.css
    • Mac: /ライブラリー/Frameworks/R.framework/ Versions/x.x/Resources/library/markdwon/resources/markdown.css
    • Ubuntu: /usr/lib/rstudio/resources/markdown.css
  • お手製のcssファイルを指定したい場合は、markdownToHTML関数(markdownパッケージ)で指定

参考ページ

html出力しなくても便利なchunk

  • Ctrl + Alt + Cで、chunk内のコマンドをすべて実行
  • Ctrl + Alt + Nで、次のchunk実行
  • chunk間の移動も簡単

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これまでの遺産は・・・

  • .Rファイルも簡単にhtml出力できます
  • .Rファイルを開き、File -> Compile Notebook alt text

(3)R Presentationの紹介

  • html5とかいうスライドを作ってくれる
  • このスライドや当日のプレゼンも、これで作ってみました
    • ちょっと試しただけなので、よぉ知りませんが。。。
  • 統計勉強会のスライド作りとかに便利そう

こんな感じ

表示できないブラウザがあります

  • Internet Explorerはバージョン10以上なら大丈夫
  • ChromeとかFirefoxはオーケー

詳細はRstudioのHPへ

R Presentationファイルの作り方

  • File -> New File -> R Presentationでテンプレート表示
  • 入力方法は、Rmarkdownを基本的に同じ
  • PreviewアイコンでEnvironmentウィンドウにプレビュー表示
  • 詳細は、Authoring R Presentationsを参照 alt text

Rでhtmlスライドの出力

  • Presentationタブ(Environmentと同じウィンドウ)にプレビュー
  • Moreアイコンでhtmlファイルに保存したり、ブラウザ表示したり

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スライドスタイルの変更

  • cssファイルの設定で、出力スタイル変更できる
  • css:オプションでcssファイルを指定
  • デフォルトのcssファイルの場所は、
    • Win: /ローカルディスク/Program files/Rstudio/resources/presentation/slides.css
    • Mac: 不明…(ここに情報あるんですが、調べたMacでは見つかんないし。。。僕Macユーザーじゃないし。。。)
    • Ubuntu: /usr/lib/rstudio/resources/presentation/slides.css

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まとめ

とにかく便利です。

だまされたと思って、使ってみてください。

R初心者の方は、だまされてください。

初めからRstudioでR覚えたほうが楽なはずです。